一个现在还存在着忍者的世界中，现代忍者的雇主，是政治家、大企业的干部们。持有强大权力的人当中，有著一些将忍者当作满足自己欲望的道具的人存在。为了对抗这些在黑暗中的“恶忍”，政府开始执行了某个计划―“善忍”―也就是养成属於国家的忍者的秘密计划。为了养成“善忍”而成立的机构，“内阁特务谍报部一课付特殊机密谍报员养成所”，通称、忍学科。在拥有一千名学生的名门升学学校“国立半藏学院”中，不为人知的内面。为了与邪恶战斗，“善忍”们奉献自己的青春，正在“国立半藏学院”忍学科中就读的五名少女，鼓起勇气与恶忍战斗。五位女忍者性格各异，她们分别是飞鸟、斑鸠、葛城、柳生、云雀。